Adanya sistem zonasi, terkadang membuat para siswa yang memiliki nilai yang bagus yang mendaftar ke sekolah unggulan menjadi tersingkirkan dibanding siswa lain yang nillai ‘mohon maaf’ kurang bagus. Sistem tersebut memang sesuai dengan kebiajakan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud) agar semua peserta didik bisa tertampung di sekolah.

Namun demikian, bukan berarti anak tersebut penerimaan tidak pintar. Dinas Pendidikan memang tengah memastikan setiap anak mendapatkan sekolah saat peserta didik baru. Hal ini sesuai dengan kewajiban Dinas Pendidikan yang harus menerapkan sistem yang adil bagi seluruh masyarakat Indonesia.

Sesuai dengan sistem zonasi, jika suatu sekolah mengalami kelebihan daya tampung siswa, maka harus dilakukan relokasi ke sekolah lain. Sehingga para calon peserta didik baru dapat dialihkan ke kursi kosong di sekolah negeri lain.

Sejatinya, Peraturan Menteri tentang Sistem Zonasi tersebut dinilai tak mempersulit peserta didik tapi malahan mempermudah. Namun, kalangan masyarakat terkadang menilai dengan cara berbeda. Dengan demikian, Kemendikbud mengimbau agar orang tua / wali murid dengan lapang dada bisa menerima penempatan yang dilakukan dinas pendidikan dalam meratakan penerimaan peserta didik baru ke beberapa sekolah di daerahnya.

Adapun tujuan diadakannya sistem zonasi adalah untuk menjamin pemerataan akses layanan pendidikan bagi siswa; mendekatkan lingkungan sekolah dengan lingkungan keluarga; menghilangkan eksklusivitas dan diskriminasi di sekolah, khususnya sekolah negeri; membantu analisis perhitungan kebutuhan dan distribusi guru.

Dengan adanya sistem zonasi juga dapat mewujudkan penerapan penguatan pendidikan karakter (PPK), yakni dengan kegiatan pembiasaan sikap dan perilaku positif di sekolah mulai dari jenjang pendidikan dasar hingga pendidikan menengah sehingga dapat menumbuhkan nilai moral, spiritualisme, kebangsaan, dan kebhinekaan kepada peserta didik.

Selain itu, sistem zonasi juga diyakini dapat mendorong kreativitas pendidik dalam pembelajaran dengan kondisi siswa yang heterogen.

Sama seperti yang dikatakan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Muhadjir Effendy, kebijakan zonasi merupakan upaya untuk menghilangkan pola pikir kastanisasi dan favoritisme terhadap salah satu sekolah.